| Biotecnologia (2005) |
 Assignatures |
| BIOINFORMÀTICA |
| Continguts |
| DADES IDENTIFICATIVES | 2012_13 |
| Assignatura | BIOINFORMÀTICA | Codi | 19052021 | |||||
| Ensenyament |
|
Cicle | 2n | |||||
| Descriptors | Crèd. | Crèd. teoria | Crèd. pràctics | Tipus | Curs | Període | ||
| 6 | 3 | 3 | Troncal | Tercer | Segon |
|||
| Continguts | Atenció personalitzada | Avaluació |
| Fonts d'informació | ||
| Tema | Subtema |
| 1) Introducció | Definició i àmbit d’estudi Portals de bioinformàtica (EBI-EMBL, NCBI, Expasy) |
| 2) PERL | Un llenguatge informàtic pràctic per a l’extracció d’informació i presentació de resultats: PERL (Practical Extraction and Report Language). |
| 3) Bases de dades | Bases de dades de seqüències (Swiss-Prot, GenBank) Bases de dades estructurals (PDB, CATH) Bases de dades del NAR Introducció al SRS (Sequence Retrieval System) |
| 4) Cerca i anàlisi de seqüències | Seqüències semblants (homòlogues i no homòlogues) Matrius de substitució (PAM, Blosum, etc.) Formats de seqüències més emprats (FASTA) Alineaments de parells de seqüències (Needelman-Wunsch, Smith-Waterman, Dot-matrix) Cerca de seqüències semblants (BLAST, FASTA, PSI-BLAST) Exemples d’us de BLAST, FASTA, PSI-BLAST |
| 5) Alineaments múltiples i construcció d’arbres filogenètics | Alineament múltiple de seqüències (Clustal, T-Coffee) Bases de dades derivades de multialineaments (PROSITE, PFAM) Mètodes reconstrucció filogenètica: (a) parsimònia; (b) distància; (c) màxima versemblança) Robustesa d’un arbre filogenètic (bootstrap) |
